Het gebouw is vernoemd naar de gelijknamige villa, die aan de Meppelerweg heeft gestaan. De opening vond plaats op 27 oktober 1965 door burgemeester Dingemans Wierts. Tevens werd er in 1968 een aantal bejaardenwoningen bij gebouwd. Omdat het oude rusthuis aan de Kornputsingel in 1970 ontruimd moest zijn, werd er bij Nijenstede nog een extra vleugel bijgebouwd. Ook werd er in Oldemarkt juni 1991 een dependance geopend. Nijenstede ontwikkelde zich steeds meer tot een verzorgingstehuis. Toch begon het gebouw langzamerhand bouwkundige gebreken te vertonen, dat resulteerde in de plannen om een geheel nieuw tehuis te bouwen, namelijk Nieuw Nijenstede aan de Johannes Bogermanstraat. Het oude Nijenstede heeft inmiddels tal van andere functies gekregen.